ご投稿ありがとうございます。BooT.oneチームです。
ご記載いただきました[始終点チェック]ツールの着色の解除につきまして、現在は手修正での対応のみとなっておりますので、下記手順をご確認いただけますでしょうか。

＜対応手順＞
1.) 該当の構造フレームを右クリック → [ビューのグラフィックスを上書き] → [要素別]をクリック
2.) [固有の要素グラフィックスを表示]ダイアログにて[リセット]をクリック
3.) 着色が解除される

※本ツールはフィルタ等による着色ではなく、[要素別]の着色設定となっております。

なお、こちらはツールでの対応ができる様改修を進めさせていただきます。
実装まで今しばらくお待ちください。

お世話になります。
手修正での対応、承知いたしました。

ツールでの実装お待ちしております。

よろしくお願いいたします。